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카플란-마이어 추정량

관측 자료로부터 생존함수 \(S(t)\)를 추정하는 일은 모든 생존분석의 첫 과제다. 사건시간에 대해 어떤 분포 가정도 하지 않을 때 쓰는 표준 도구가 카플란-마이어 추정량이며 곱-극한 추정량이라고도 한다. Kaplan과 Meier(1958)가 도입했으며, 우측절단된 관측치를 올바르게 처리하는 \(S(t)\)의 비모수 추정치를 만든다.

이 절에서는 추정량을 유도하고 그 성질을 논의하며 수치 보기를 따라간다.

설정과 표기

대상 \(n\)명을 관측하여 서로 다른 사건시간을 크기순으로 나열했다고 하자.

\[ t_{(1)} < t_{(2)} < \cdots < t_{(K)} \]

각 사건시간 \(t_{(j)}\)에서 다음을 정의한다.

  • \(d_j\) = 시점 \(t_{(j)}\)에서의 사건 수(사망, 부도 등).
  • \(n_j\) = 시점 \(t_{(j)}\) 직전에 위험에 있는 대상 수. 즉 \(t_{(j)}\) 이전에 사건을 겪지도 절단되지도 않은 대상의 수다.

정확히 \(t_{(j)}\)에 절단된 대상은 관례상 위험집합 \(n_j\)에 포함시킨다(사건시간 직전까지는 여전히 위험에 있었기 때문이다).

유도

핵심 착상은 생존확률을 조건부확률의 곱으로 분해하는 것이다. \(t_{(j)}\) 직전까지 생존했다는 조건에서 \(t_{(j)}\)를 넘겨 생존할 확률은 다음으로 추정된다.

\[ \hat{P}\bigl(T > t_{(j)} \mid T \geq t_{(j)}\bigr) = 1 - \frac{d_j}{n_j} \]

임의의 시점 \(t\)에서의 생존함수는 \(t\)까지의 모든 사건시간에 걸친 이 조건부 생존확률들의 곱이다.

\[ \hat{S}(t) = \prod_{j:\, t_{(j)} \leq t} \left(1 - \frac{d_j}{n_j}\right) \]

이것이 카플란-마이어 추정량이다. 관측된 사건시간에서만 감소하는 계단함수를 만든다.

절단된 관측치의 역할

절단된 대상은 \(\hat{S}(t)\)를 떨어뜨리지 않지만, 이후 사건시간의 위험집합 \(n_j\)를 줄인다. 카플란-마이어 추정량은 이런 방식으로 절단된 관측치를 사건으로 취급하지 않으면서도 그 부분적 정보를 반영한다.

성질

  1. 비모수적. 어떤 분포 가정도 필요 없다.
  2. 최대가능도. 카플란-마이어 추정량은 \(S(t)\)의 비모수 최대가능도 추정량이다.
  3. 일치성. 독립 절단 아래에서 \(n \to \infty\)일 때 \(\hat{S}(t) \xrightarrow{P} S(t)\)이다.
  4. 계단함수. \(\hat{S}(t)\)는 사건시간 사이에서 상수이고 각 사건시간에서 떨어진다.
  5. 우연속. 관례상 \(\hat{S}(t)\)는 좌극한을 갖는 우연속 함수(cadlag)다.

동점 처리

같은 시점에 여러 사건과 절단이 함께 일어나면 다음 관례를 따른다.

  1. 시점 \(t_{(j)}\)의 사건을 먼저 처리한다(\(d_j\)에 기여한다).
  2. 시점 \(t_{(j)}\)의 절단은 그다음에 처리한다(이후 시점의 위험집합을 줄이지만 \(n_j\)에는 포함된다).

이 관례에 따라 시점 \(t_{(j)}\)에 절단된 대상은 그 시점에 위험에 있는 것으로 센다.

보기 1. 대상 8명의 카플란-마이어 추정. 다음과 같은 관측 시간과 사건 지시자를 갖는 대상 8명을 생각하자.

대상 시간 \(\delta\)
1 1 1
2 2 0
3 3 1
4 4 0
5 5 1
6 5 1
7 7 0
8 9 1

서로 다른 사건시간은 \(t_{(1)} = 1\), \(t_{(2)} = 3\), \(t_{(3)} = 5\), \(t_{(4)} = 9\)이다.

풀이

단계별 계산:

\(t_{(j)}\) \(n_j\) \(d_j\) \(1 - d_j/n_j\) \(\hat{S}(t_{(j)})\)
1 8 1 7/8 = 0.875 0.875
3 6 1 5/6 = 0.833 0.875 \(\times\) 0.833 = 0.729
5 4 2 2/4 = 0.500 0.729 \(\times\) 0.500 = 0.365
9 1 1 0/1 = 0.000 0.365 \(\times\) 0.000 = 0.000

\(t_{(2)} = 3\)에서 위험집합이 \(n_2 = 6\)인 이유는 대상 1이 \(t = 1\)에 사건을 겪었고 대상 2가 \(t = 2\)에 절단되어 6명이 남았기 때문이다.

\(t_{(3)} = 5\)에서 위험집합이 \(n_3 = 4\)인 이유는 대상 1, 2, 3, 4가 빠졌기 때문이다 (사건 2건, 절단 2건).

카플란-마이어 추정치는 다음과 같다.

  • \(t < 1\)이면 \(\hat{S}(t) = 1.000\)
  • \(1 \leq t < 3\)이면 \(\hat{S}(t) = 0.875\)
  • \(3 \leq t < 5\)이면 \(\hat{S}(t) = 0.729\)
  • \(5 \leq t < 9\)이면 \(\hat{S}(t) = 0.365\)
  • \(t \geq 9\)이면 \(\hat{S}(t) = 0.000\)

여덟 명의 추적 기간과 그로부터 만들어지는 카플란-마이어 계단

위쪽이 대상 여덟 명의 추적 기간이고 아래쪽이 그로부터 나온 계단이다. 두 그림의 시간축이 같으므로 눈으로 짝을 지어 볼 수 있다. 주황 점이 있는 자리에서만 계단이 내려간다. 파란 삼각형으로 표시한 \(t = 2, 4, 7\)은 절단 시점인데, 곡선이 꿈쩍도 하지 않는다. 절단은 "이 사람이 죽었다"는 정보가 아니라 "여기까지는 살아 있었다"는 정보이므로 하강의 근거가 되지 못한다.

그런데 절단이 아무 일도 하지 않는 것은 아니다. 다음 사건에서 곡선이 얼마나 떨어질지를 바꾼다. 하강 폭을 보면 \(t = 1\)에서 \(0.125\), \(t = 3\)에서 \(0.146\), \(t = 5\)에서 \(0.365\)다. 세 번 모두 사건이 한두 건인데 하강이 세 배 가까이 커졌다. 이유는 각 계단 위에 적어 둔 \(n_j\)에 있다. 위험집합이 \(8 \to 6 \to 4\)로 줄었기 때문이다. \(t = 2\)와 \(t = 4\)의 절단 두 건이 곡선을 건드리지 않은 채 분모만 갉아먹은 결과다.

이것이 앞의 상자에서 "절단된 관측치를 사건으로 취급하지 않으면서도 부분적 정보를 반영한다"고 한 말의 정확한 기제다. 한 사람이 \(t = 2\)에 사라지면 그 사람은 \(t = 3\)의 하강에 표를 던지지 못한다. 남은 여섯 명이 그 판단을 대신하므로, 한 명이 죽었다는 사실이 \(1/8\)이 아니라 \(1/6\)의 무게를 갖는다. 곡선을 직접 내리지 못하는 대신 남은 사람들의 발언권을 키우는 것, 이것이 카플란-마이어가 절단을 다루는 방식이다.

마지막 계단도 눈여겨보라. \(t = 9\)에는 한 명만 남았고(\(n_j = 1\)) 그 한 명이 사건을 겪으므로 \(1 - 1/1 = 0\)이 되어 곡선이 \(0.365\)에서 곧장 0으로 떨어진다. 사람 한 명의 운명이 생존율을 36.5%p나 움직인 것이다. 뒤에서 다룰 "꼬리에서 분산이 크다"는 말이 이 한 계단에 들어 있다.

중앙 생존시간

중앙 생존시간은 카플란-마이어 곡선이 처음으로 0.5에 도달하거나 그 아래로 내려가는 시점 \(\hat{t}_{0.5}\)이다.

\[ \hat{t}_{0.5} = \inf\{t : \hat{S}(t) \leq 0.5\} \]

위 보기에서 \(\hat{S}(5) = 0.365 < 0.5\)이고 \(\hat{S}(3) = 0.729 > 0.5\)이므로 \(\hat{t}_{0.5} = 5\)개월이다.

중앙값이 존재하지 않을 수 있다

카플란-마이어 곡선이 0.5 아래로 내려가지 않으면(예: 절단이 심해 곡선이 0.5 위에서 평평해지면) 중앙 생존시간이 정의되지 않는다. 평균 생존시간은 카플란-마이어 곡선 아래 면적으로 추정할 수 있지만, 곡선이 0에 도달하지 않으면 외삽이 필요하다.

한계

  • 카플란-마이어 추정량은 우측절단 자료만 다룬다. 구간절단과 좌측 절단에는 다른 방법이 필요하다.
  • 일변량 방법이다. 공변량을 보정하지 않고 \(S(t)\)를 추정한다. 공변량 보정 생존곡선에는 콕스 모형(21.4절)이나 층화 카플란-마이어 추정이 필요하다.
  • 위험에 있는 대상이 몇 명 남지 않은 후반부에서는 추정치의 분산이 크다. 신뢰구간(21.2절)이 이 불확실성을 정량화한다.
넬슨-알렌 추정량과의 연결

다음 절의 넬슨-알렌 추정량은 누적위험을 통해 또 다른 비모수 추정치를 준다. 대표본에서는 \(\hat{S}_{\text{KM}}(t) \approx \exp(-\hat{H}_{\text{NA}}(t))\)이므로 두 추정량이 거의 같다.

연습문제

연습문제 1. 카플란-마이어 추정

환자 10명을 진단 후 추적했다. 관측된 시간(개월)과 사건 지시자(\(\delta\): 1 = 사망, 0 = 절단)는 다음과 같다.

대상 시간 \(\delta\)
1 3 1
2 5 0
3 7 1
4 8 1
5 10 0
6 12 1
7 12 0
8 15 1
9 18 0
10 20 1

(a) 각 사건시간에서 카플란-마이어 추정치 \(\hat{S}(t)\)를 계산하라.

(b) 추정된 중앙 생존시간은 얼마인가?

풀이

(a) 서로 다른 사건시간은 3, 7, 8, 12, 15, 20이다.

\(t_{(j)}\) \(n_j\) \(d_j\) \(1 - d_j/n_j\) \(\hat{S}(t_{(j)})\)
3 10 1 0.900 0.900
7 8 1 0.875 0.788
8 7 1 0.857 0.675
12 5 1 0.800 0.540
15 3 1 0.667 0.360
20 1 1 0.000 0.000

위험집합 계산에서 유의할 점 두 가지.

  • \(t = 7\)에서 \(n_j = 8\)이다. 대상 1(사건)과 대상 2(절단)가 빠졌다. 절단된 대상 2도 위험집합에서 제외된다.
  • \(t = 12\)에서 \(d_j = 1\)이다. 대상 6과 7이 모두 시점 12인데 대상 6만 사건이고 대상 7은 절단이다. 동점 관례에 따라 대상 7은 \(n_j = 5\)에 포함되지만 \(d_j\)에는 기여하지 않는다.

(b) \(\hat{S}(12) = 0.540 > 0.5\)이고 \(\hat{S}(15) = 0.360 < 0.5\)이므로 중앙 생존시간은 \(\hat{t}_{0.5} = 15\)개월이다.

연습문제 2. 같은 자료에서 절단된 관측치를 모두 버리고 계산한 경험적 생존함수와, 절단시간을 사건으로 취급해 계산한 경험적 생존함수를 카플란-마이어 추정치와 비교하라.

풀이

방법 1: 절단된 대상 버리기. 사건이 관측된 6명(시간 3, 7, 8, 12, 15, 20)만 쓰면 경험적 생존함수는 각 시점에서 \(1/6\)씩 떨어진다.

\(t\) 3 7 8 12 15 20
절단 버림 \(0.833\) \(0.667\) \(0.500\) \(0.333\) \(0.167\) \(0.000\)
절단=사건 \(0.900\) \(0.700\) \(0.600\) \(0.400\) \(0.200\) \(0.000\)
카플란-마이어 \(\mathbf{0.900}\) \(\mathbf{0.788}\) \(\mathbf{0.675}\) \(\mathbf{0.540}\) \(\mathbf{0.360}\) \(\mathbf{0.000}\)

(두 번째 행은 10명 전부를 사건으로 보고 \(\hat S(t) = \#\{t_i > t\}/10\)을 계산한 것이다. 시점 5, 10, 12, 18의 절단도 하강을 만들지만 위 표에는 사건시간만 표시했다.)

두 순진한 방법 모두 생존을 과소추정한다. 예컨대 \(t = 12\)에서 카플란-마이어는 \(0.540\)인데 절단을 버리면 \(0.333\), 사건으로 취급하면 \(0.400\)이다.

왜 그런가.

  • 절단을 버리면 남은 표본이 일찍 사건을 겪은 쪽으로 선택된다. 오래 관측된 대상일수록 절단될 가능성이 높으므로, 긴 생존시간이 표본에서 조직적으로 빠진다.
  • 절단을 사건으로 취급하면 실제로는 더 오래 살았을 대상을 절단 시점에 죽은 것으로 기록한다. 각 관측치의 생존시간을 아래로 밀어낸다.

카플란-마이어는 절단된 대상을 하강 없이 위험집합에서만 빼서 두 오류를 모두 피한다. \(\square\)

연습문제 3. 카플란-마이어 추정량이 \(S(t)\)의 비모수 최대가능도 추정량임을 이산 시점의 경우에 대해 보여라.

풀이

사건이 서로 다른 시점 \(t_{(1)} < \cdots < t_{(K)}\)에서만 일어날 수 있다고 하고, \(q_j = P(T = t_{(j)} \mid T \ge t_{(j)})\)를 시점 \(t_{(j)}\)의 조건부 사건확률이라 하자. 그러면 \(S(t) = \prod_{j: t_{(j)} \le t}(1 - q_j)\)이다.

가능도를 \(q_1, \ldots, q_K\)의 함수로 쓴다. 시점 \(t_{(j)}\)에서,

  • 사건을 겪은 \(d_j\)명은 각각 \(q_j\)를 기여한다.
  • 그 시점을 넘겨 생존한 \(n_j - d_j\)명은 각각 \(1 - q_j\)를 기여한다.

(절단된 대상은 자신이 통과한 모든 시점에서 \(1-q_j\)를 기여하고, 절단 이후 시점에는 아무 기여도 하지 않는다.) 따라서

\[ L(q_1,\ldots,q_K) = \prod_{j=1}^{K} q_j^{\,d_j}\,(1-q_j)^{\,n_j - d_j} \]

이다. 이는 \(q_j\)들에 대해 분리되는 이항 가능도의 곱이다. 각 인자를 따로 최대화하면 이항분포의 MLE로부터

\[ \hat q_j = \frac{d_j}{n_j} \]

를 얻고, 대입하면

\[ \hat S(t) = \prod_{j: t_{(j)} \le t}\left(1 - \frac{d_j}{n_j}\right) \]

로 정확히 카플란-마이어 추정량이 된다.

왜 사건시간에서만 하강하는가. 사건이 관측되지 않은 시점에서는 \(d_j = 0\)이므로 \(\hat q_j = 0\)이고 그 인자가 1이 되어 \(\hat S\)를 바꾸지 않는다. 즉 "사건시간에서만 떨어진다"는 성질은 관례가 아니라 최대가능도의 결과다. \(\square\)

연습문제 4. 연습문제 1의 자료에서 대상 10(시점 20, 사건)이 절단이었다면 \(\hat S(t)\)가 어떻게 달라지는가? 이때 평균 생존시간을 추정할 수 있는가?

풀이

대상 10이 절단이면 \(t = 20\)에서 사건이 없으므로 마지막 하강이 사라진다.

\(t\) 원래 \(\hat S\) 수정된 \(\hat S\)
\(15 \le t < 20\) \(0.360\) \(0.360\)
\(t \ge 20\) \(0.000\) \(\mathbf{0.360}\)

곡선이 \(0.360\)에서 평평해지고 0에 도달하지 않는다. 관측이 끝난 뒤의 생존에 대해 자료가 아무 말도 하지 않기 때문이다.

중앙값은 여전히 추정 가능하다. 곡선이 \(0.5\) 아래로는 내려갔으므로 \(\hat t_{0.5} = 15\)로 변하지 않는다.

평균은 추정할 수 없다. 평균 생존시간은 \(\int_0^\infty S(t)\,dt\)인데, 곡선이 \(0.360\)에서 멈추면 이 적분이 발산한다. 카플란-마이어 곡선 아래 면적을 그대로 계산하면 마지막 절단 시점 이후를 0으로 취급하는 셈이라 평균을 과소추정한다.

표준적인 대안 세 가지.

  1. 제한 평균 생존시간(RMST). 미리 정한 \(\tau\)까지만 적분한다. \(\text{RMST}(\tau) = \int_0^{\tau} \hat S(t)\,dt\). 여기서 \(\tau = 20\)으로 두면 계단함수 아래 면적은

$$ 3(1.000) + 4(0.900) + 1(0.7875) + 4(0.675) + 3(0.540) + 5(0.360) = 13.51 $$

개월이다. \(\tau\)를 자료에 근거해 고르지 말고 미리 정하는 것이 중요하다. \(\tau\)를 관측된 최대 시점으로 잡으면 그 값 자체가 확률변수가 되어 추론이 꼬인다. 2. 꼬리 외삽. 마지막 구간에 지수 꼬리 등을 가정한다. 가정에 크게 의존하므로 민감도 분석이 필요하다. 3. 중앙값 보고. 곡선이 \(0.5\)까지만 내려가면 되므로 절단에 훨씬 강건하다. 생존분석에서 평균 대신 중앙값을 보고하는 관례의 실질적 근거다.

\(\square\)


정리하며

카플란–마이어는 분포 가정 없이 생존함수를 추정한다.

\[ \hat S(t)=\prod_{t_i\le t}\left(1-\frac{d_i}{n_i}\right) \]
  • 곱-극한 추정량이다. 각 사건시점에서 "그 시점을 넘길 조건부 확률"을 곱해 나가며, 3장의 곱셈 규칙이 그대로 쓰인다.
  • 절단을 자연스럽게 다룬다. 절단된 관측은 그 시점까지 위험집합 \(n_i\) 에 기여하고 이후 빠진다. 정보를 버리지도 왜곡하지도 않는다.
  • 계단함수다. 사건이 일어난 시점에서만 내려가며, 절단 시점에서는 내려가지 않는다.
  • 마지막 관측이 절단이면 곡선이 \(0\) 에 닿지 않는다. 그 이후는 추정되지 않으며, 중앙생존시간이 정의되지 않을 수도 있다.
  • 비모수라 유연하지만 공변량을 다루지 못한다. 집단별로 나눠 그릴 수는 있어도 연속 공변량은 콕스 모형이 필요하다.

다음 절 로그순위 검정으로 넘어간다.